Na terenie Katedry realizowane są różne projekty badawcze i granty z dziedziny chemii analitycznej i biochemii.
Projekt badawczy finansowany ze środków programu „Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza” w AGH
Tytuł projektu:
Głębokie sieci neuronowe w identyfikacji bezpiecznej żywności i suplementów diety na postawie sygnału innowacyjnych wieloelektrodowych sensorów chemicznych
Finansowanie:
Projekt badawczy finansowany ze środków programu „Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza” w AGH
Przynależność tematyki do POB:
POB 7 – Projektowanie, produkcja, badanie nowoczesnych materiałów i przyszłościowych technologii
Przynależność do wiodącej dyscypliny naukowej:
nauki chemiczne
Aplikacja o środki na:
Grant uczelniany na prace badawcze realizowane z udziałem doktorantów/młodych naukowców
Projekt realizowany w ramach grantu badawczego na lata 2017-2020 finansowanego przez Narodowe Centrum Nauki (nr grantu 2016/23/B/ST8/0016)
Obiektem badań projektu są defekty punktowe oraz właściwości transportowe masy i ładunku w tlenkach metali. Celem badań jest opracowanie modeli defektów punktowych w materiałach tlenkowych w zakresie temperatur, w których defekty jonowe są w stanie zamrożonej równowagi chemicznej. Graniczną temperaturę, poniżej której ma to miejsce nazywa się temperaturą Tammanna, TTam. Aby zrealizować ten cel, następujące hipotezy przyjęto:
Uzyskany w trakcie realizacji projektu materiał doświadczalny oraz teoretyczny daje możliwość sporządzenia ilościowych diagramów defektów. Przydatne wówczas są wyniki doświadczalne, uzyskane podczas schładzania tlenków z wysokiej temperatury.
Jako bezpośredni obiekt badawczy wybrano dwie grupy materiałów tlenkowych: tlenki wanadu VOx gdzie x=2 (VO2) oraz x= 2.5 (V2O5) o przewodnictwie elektronowym oraz roztwory stałe ZrO2-Y2O3 zawierające 3 % mol. Y2O3 (3YSZ) i 8 % mol. Y2O3 (8YSZ) będące przewodnikami jonowymi. Wybrane materiały wzbudzają szerokie zainteresowanie zarówno w fizyce i chemii ciała stałego, jak i praktyków, gdyż są poważnymi kandydatami w licznych zastosowaniach. Stosując eksperymentalne techniki, typowe w fizyce i chemii ciała stałego możemy wyznaczyć koncentracje i ruchliwości defektów punktowych, a następnie skonstruować diagramy defektów. Cel ten zostanie zrealizowany w dwu przypadkach:
Wybrane materiały reprezentują grupę półprzewodnikowych tlenków o przewodnictwie elektronowym – tlenki wanadu oraz elektrolitów stałych – roztwory stałe ZrO2-Y2O3. Do badań są wykorzystywane, w przypadku VOx: monokryształy, spieki ceramiczne, monodyspersyjne materiały nanokrystaliczne, oraz cienkie warstwy. Jako YSZ, są badane: monokryształy 8YSZ, polikrystaliczne roztwory stałe 8YSZ oraz 3YSZ. Stosuje się kilka metod preparatyki tych układów, takich jak współstrącenie, metoda hydrotermalna, rozkład metalicznych prekursorów w płomieniu, reaktywne osadzanie (do nanoszenia cienkich warstw).
Celem charakteryzacji ich struktury i morfologii użyte są techniki dostępne na Wydziale Inżynierii Materiałowej i Ceramiki: XRD, SEM+EDS, AFM, oraz BET. Typy defektów punktowych i ich koncentracja są określane poprzez pomiary impedancyjne, termograwimetrię, pomiary termosiły, kulometryczne miareczkowanie oraz przy użyciu aparatury termoprogramowanej desorpcji (TPD), która została zakupiona w ramach realizacji poprzedniego grantu NCN.
Właściwości transportowe są wyznaczone poprzez pomiary dyfuzji chemicznej metodą kinetyki zmian przewodnictwa elektrycznego oraz metodą SIMS, dzięki czemu możliwe jest wyznaczanie dyfuzyjności kationów w YSZ.
Pomiary impedancyjne są prowadzone przy użyciu dostępnej w Katedrze Chemii Analitycznej aparatury SOLATRON Frequency ResponseAnalyser, Dielectric Interface 1296 (zakupione z poprzednich grantów) oraz przystawki Electrochemical Interface 1287A, która została zakupiona w ramach niniejszego projektu.
Chemisorporpcja tlenu oraz pary wodnej jest badana stosując aparaturę TPD.
Proponowane badania noszą znamiona nowości, szczególnie w chemii ciała stałego. Chemia defektów w tym ich diagramy poniżej temperatury Tammanna są nieznane, jak dotychczas. Proponowane badania systematyczne, przy użyciu wielu technik eksperymentalnych nie były stosowane w tym zakresie temperatur. Mamy nadzieję, że uzyskane wyniki pozwolą na naukowe prognozowanie materiałów o pożądanych właściwościach, zamiast stosowanych dotychczas żmudnych poszukiwań metodą prób i błędów.
Prof. dr hab. Mieczysław Rękas
Katedra Chemii Analitycznej i Biochemii WIMiC AGH
tel: 617 47 22
Budynek A-3, IV p., pok. 404
E-mail: rekas(at)agh.edu.pl
Projekt realizowany w ramach grantu badawczo – rozwojowego na lata 2007-2010 nr 15 020 02
Założenia projektu:
Zestaw do pomiarów elektrochemicznych składa się z dwóch niezależnych modułów sprzętowych: analizatora 8KCA oraz komputera stacjonarnego lub przenośnego. Każdy z tych modułów posiada niezależne oprogramowanie, które komunikuje się ze sobą za pomocą łącza w standardzie Ethernet.
Użytkownik ma wpływ na działania analizatora poprzez uruchamianie funkcji z poziomu oprogramowania EAlab 1.0 działającego w komputerze. Program EAlab jest typową aplikacją działającą w środowisku Windows, która umożliwia programowanie parametrów pomiaru, rejestrację krzywych pomiarowych w czasie wykonywania pomiaru, przechowywanie wyników pomiaru w pamięci masowej, wizualizacje pojedynczych krzywych i grup krzywych, przetwarzanie sygnałów, interpretację wyników (w tym analizę ilościową), a także drukowanie raportów według przygotowanego wzoru.
Komunikacja pomiędzy analizatorem a komputerem odbywa się poprzez łącze działające w standardzie Ethernet. Protokół transmisji na poziomie aplikacji został specjalnie zaprojektowany do potrzeb zadań realizowanych podczas pomiarów elektrochemicznych.
Należy wyraźnie podkreślić, że analizator musi być podłączony do komputera jedynie podczas wykonywania zadań sterujących oraz pomiarowych, czyli:
W czasie programowanego przetwarzania sygnałów, interpretacji wyników oraz drukowania raportów analizator może być odłączony od komputera.
Wyposażenie:
Kontakt:
Prof. dr hab. inż. Bogusław Baś
Katedra Chemii Analitycznej WIMiC AGH
al. Mickiewicza 30
30-059 Kraków
tel: (4812) 617 25 29
Adres e-mail: bas@agh.edu.pl
Projekt realizowany jako zadanie badawcze w ramach grantu NCN Nr 2011/03/B/ST5/02713 w latach 2012-2015
8-kanałowy potencjostat (prototyp) został zaprojektowany jako urządzenie znacząco rozszerzające możliwości metrologiczne wielofunkcyjnych analizatorów elektrochemicznych M161E i M20, do współpracy z czujnikami wieloelektrodowymi i mikro-elektrodowymi platformami, gdy prąd mierzony jest szczególnie niski (<1 nA). Zastosowanie dodatkowego przedwzmacniacza, charakteryzującego się bardzo wysoką rezystancja wejściową (>1015 Ohm), wysoką stabilnością i niskim szumem własnym, w zasadniczy sposób poprawia relacje stosunku mierzonego sygnału do szumu. Wieloletnie doświadczenia zespołu posłużyły do opracowania aparatu, który obok funkcji zasadniczej ułatwia organizację pomiaru, przez zamocowanie na płycie górnej obudowy statywu elektrodowego, obudowanego aluminiową puszką Faraday’a, która w istotny sposób ogranicza wpływ zakłóceń elektromagnetycznych. Zwarta konstrukcja pozwoliła dodatkowo na skrócenie i umieszczenie wewnątrz ekranowanej przestrzeni wszystkich połączeń elektrycznych pomiędzy potencjostatem i celą pomiarową.
8-kanałowy potencjostat, przedwzmacniacz i elektromechaniczne elementy statywu są przystosowane do współpracy z analizatorami M161E i M20, wykorzystując generowane przez nie sygnały sterujące i korzystając z ich zasilania. Współpracy z potencjostatem służy oprogramowanie analizatorów, w wersji EAlab 8.1, umożliwiające przeprowadzanie stosownych pomiarów z uwzględnieniem transformacji sygnału w przedwzmacniaczu. Program EAlab 8.1 jest typową aplikacją działającą w środowisku Windows, która umożliwia programowanie parametrów pomiaru, rejestrację krzywych pomiarowych w czasie wykonywania pomiaru, przechowywanie wyników pomiaru w pamięci masowej, wizualizacje pojedynczych krzywych i grup krzywych, przetwarzanie sygnałów, interpretację wyników, a także drukowanie raportów wg przygotowanego wzoru. Protokół transmisji na poziomie aplikacji został specjalnie zaprojektowany do potrzeb zadań realizowanych podczas pomiarów elektrochemicznych.
Przedwzmacniacz, jego układy sterujące i układ zasilania bateryjnego, układ ładowania baterii wraz z zasilaczem oraz sterowniki akcesoriów statywu i trójdrożny zawór gazu osłonowego potencjostatu są zabudowane w metalowej obudowie typu WAVETRONIC I. Masywna, zapewniająca stabilność i absorbująca wibracje obudowa przedwzmacniacza, obciążona dodatkowo bateriami żelowymi, stanowi podstawę dla puszki Faraday’a i umieszczonej wewnątrz kolumny statywu. Elementy osłonowe i kolumna statywu są pokryte lakierem proszkowym, zapewniającym twardą i trwałą osłonę antykorozyjną. Pozostałe elementy metalowe statywu są wykonane ze stali nierdzewnej. Niemetalowe elementy uchwytów i ruchomych, regulowanych podstaw są wykonane z nylonu, kynaru lub teflonu, zapewniających dużą udarność i odporność na korozję. Elementy statywu pozostające w kontakcie z badanymi roztworami wykonano wyłącznie ze szkła borokrzemowego i teflonu, zapewniających wysoką odporność i obojętność na działanie czynników chemicznych. Wszelkie połączenia pomiędzy elementami wewnątrz obudowy i statywem elektrodowym są przeprowadzone wewnątrz metalowej kolumny statywu, co obok zalet funkcjonalnych dodatkowo polepsza własności tłumienia zakłóceń. Statyw elektrodowy obejmuje podzespoły niezbędne do pracy z elektrodami stałymi: uchwyt naczynia pomiarowego z teflonową pokrywą, wężyki doprowadzające gaz obojętny, przewody do przyłączania elektrod i uchylne mieszadło, stanowiące jednocześnie podstawę naczynia pomiarowego.
Kontakt:
Prof. dr hab. inż. Bogusław Baś
Katedra Chemii Analitycznej i Biochemii WIMiC AGH
tel.: 617 25 29
E-mail: bas(at)agh.edu.pl
Osoby odpowiedzialne:
Projekt:
MALDI mass spectrometry imaging is a unique tool for oocyte analysis. In this approach, a single oocyte is placed on a ITO glass. Then, it has to be covered with matrix - a low molecular weight organic compound, in an organic solvent. Matrix facilitates the desorption and ionization of molecules present in the sample. The process is caused by a hit of a laser beam. The intensity of the peak in obtained lipid profile corresponds with its amount (in comparison with different cells), and a heat map of molecule localization on the glass may be created.
MALDI analysis might be performed in positive and negative ion mode. Each of them demands a characteristic matrix (DHB (2,5-dihydroxybenzoic acid) for positive and 9AA (9-aminoacridine) for negative ion mode). Different ion modes offer the identification of various kinds of lipids. In the positive ion mode, mainly glycerophosphocholines and sphingomyelins are detected. Meanwhile, the negative ion mode is suitable mainly for glycerophosphoethanolamines, glycerophosphoserines, and glycerophosphoinositols.
During our study we are working on sample preparation for lipids analysis. This is the first step in developing mass spectrometry imaging analysis for such material as a single oocyte, and we hope that this technique brings a lot of new discoveries in the field.
Wyposażenie:
Dewar's (Taylor-Wharton/Worthington Technologies, USA)
Kriotom FSE (Thermo, UK)
SunCollect system for wet matrix deposition (SunChrom GmbH, Friedrichsdorf, Germany)
MALDI–TOF/TOF UltrafleXtreme MS (Bruker Daltonics, Bremen, Germany) due to courtesy of the Institute of Pharmacology PAN
Osoby odpowiedzialne:
Nasz zespół dysponuje w pełni wyposażonym laboratorium hodowli komórkowej. Hodujemy w nim linie komórkowe (neuroblastoma ludzka SH-SY5Y, fibroblasty mysie i inne), a także, jeżeli istnieje taka potrzeba, mamy opracowane procedury i doświadczenie w prowadzeniu hodowli pierwotnych neuronów prążkowia i astrocytów szczurzych. Cytotoksyczność badamy w oparciu o testy MTT, jak i o barwienie Trypanem Blue.
Obecne projekty związane są z badaniem cytotoksyczności nanocząstek projektowanych w Grupie Badawczej Nanomateriałów Polimerowych i Hybrydowych do Zastosowań Biologicznych, ACMIN
Sprzęt:
Osoby odpowiedzialne:
W naszych badaniach zajmujemy się wykorzystaniem aptamerów w chorobach nowotworowych, oraz poszukiwaniem biomarkerów w różnych typach nowotworów, między innymi w raku prostaty, piersi, trzustki i żołądka.
Nasze zadania w badaniach:
Sprzęt w laboratorium spektrometrii mas:
Sprzęt w laboratorium elektroforezy żelowej:
Grant Opus konsorcyjny UJ (lider)/AGH (K. Pyrć/P. Suder) 2016/21/B/NZ6/01307
Osoby odpowiedzialne:
W naszych badaniach skupiamy się na wirusie Zika. Jego replikacja odbywa się w bardzo specyficzny sposób. Po wniknięciu wirusa do komórki, na matrycy wirusowego RNA powstaje pojedyncze, duże białko. Jest ono nieaktywne i konieczne jest pocięcie go na niewielkie kawałki, z których każdy służy później jako element maszyny replikacyjnej lub element budulcowy dla nowych wirusów. Za proces cięcia w dużym stopniu odpowiedzialny jest jeden z regionów powstającego białka nazywany NS3. Zahamowanie jego aktywności prowadzi do całkowitego zatrzymania replikacji wirusa i powstrzymania zakażenia. Białka o podobnej aktywności powstają również w czasie replikacji innych wirusów, takich jak wirus zakaźnego zakażenia wątroby typu C czy wirus HIV. Nasze badania mają na celu zrozumienie, w jaki sposób działa białko NS3 wirusa Zika i jaka jest jego rola w komórce gospodarza. Uzyskane wyniki pozwolą również na opracowanie w przyszłości nowych leków, które będą mogły być zastosowane w leczeniu ciężkich przypadków zakażeń. Badania prowadzone są we współpracy z Virogenetics Lab, MCB UJ.
Prace w MCB: Hodowle komórek z wirusem (laboratorium BSL III) Przygotowanie materiału do analiz z zachowaniem zasad bezpieczeństwa
Prace w AGH: Znakowanie iTRAQ i analityka MS Analiza bioinformatyczna
Sprzęt w laboratorium spektrometrii mas:
Sprzęt w laboratorium elektroforezy żelowej:
Osoby odpowiedzialne:
Nasz zespół zajmuje się analizą przemian różnych substancji w organizmie przy wykorzystaniu metod elektrochemicznych. Przeprowadza również analizy porównawcze z wykorzystaniem frakcji mikrosomalnych po to, aby ustalić jak wygląda metabolizm leków i innych substancji obcych dla naszego ustroju.
Sprzęt:
Osoby odpowiedzialne:
Forma projektu: badania naukowe, wykłady i seminaria dla studentów
Konserwacja dzieła sztuki jest procesem złożonym i poprzedzonym dogłębnymi badaniami obiektu. Poza opracowaniami historyków sztuki jednym z podstawowych zadań analitycznych jest identyfikacja ew. zniszczeń oraz identyfikacja składowych dzieła, jak m.in. stosowane pigmenty, substancje wiążące itp. Nawiązana współpraca z Muzeum Narodowym w Krakowie polega na szczegółowej identyfikacji tych substancji przed rozpoczęciem pracy konserwatorskiej. Wyniki tych prac prezentowane będą w formie publikacji naukowych, jak również jako elementy wykładów dla studentów i prelekcji popularno-naukowych. Umożliwi to poszerzenie wiedzy o sztuce wśród studentów uczelni technicznej.
Wielokierunkowa analiza zmian molekularnych wywołanych uzależnieniem od morfiny, techniką MALDI MSI nr grantu: NCN 2018/29/B/NZ4/02243
Osoby odpowiedzialne:
Od wielu lat jednym z głównych tematów badań naszego zespołu są neurobiologiczne podstawy uzależnienia od narkotyków. Jedną z głównych substancji psychoaktywnych w naszych badaniach jest morfina. To ciekawy związek, ponieważ wykorzystywany jest zarówno ze względu na swoje euforyczne działanie jak i w terapii bólu. Celem naszych badań jest zrozumienie molekularnych mechanizmów jego działania i próba zniwelowania jego negatywnych skutków.
Badania prowadzimy zarówno na modelach zwierzęcych we współpracy z Uniwersytetem Medycznym w Lublinie (najczęściej model szczurzy) jak i komórkowych. W analizach stosujemy różne techniki badawcze - związane z proteomiką, czy z obrazowaniem powierzchni za pomocą spketrometrii mas. Na początku badania proteomiczne i ich metaanaliza pozwoliły nam wskazać białka zaangażowane w proces działania morfiny. Obecnie staramy się stosując różnego rodzaju testy aktywności enzymatycznej bardziej zgłębić ten temat i zbadać, czy wyniki badań proteomicznych przekładają się na aktywność enzymatyczną i czy możnaby tutaj zastosować terapię opartą na przykład o specyficzne inhibitory enzymów. Mamy nadzieję, że nasze starania doprowadzą do stworzenia efektywnej terapii bólu - bez skutków ubocznych stosowania morfiny.
Sprzęt:
Granty:Wielokierunkowa analiza zmian molekularnych wywołanych uzależnieniem od morfiny, techniką MALDI MSI nr grantu: NCN 2018/29/B/NZ4/02243
Osoby odpowiedzialne:
Obrazowanie powierzchni za pomocą spektrometrii mas, jako metoda analizy znajduje szerokie zastosowanie w badaniach biologicznych, biochemicznych i medycznych. Technika obrazowania łączy ze sobą dwa elementy. Pierwszy, to możliwość uzyskania widma masowego danego punktu powierzchni. Widmo daje nam informację o masach cząsteczek znajdujących się w analizowanym punkcie. Intensywność piku uzyskanego dla danej wartości m/z pozwala również w przybliżeniu ocenić ilość danej substancji w określonym miejscu. Wykonując analizę MS/MS dla danego jonu można także dokonać pełnej identyfikacji interesującej nas substancji. Drugim elementem jest konstrukcja źródła jonów, która umożliwia ruch badanej powierzchni w płaszczyźnie x, y. Pozwala to na analizę całej siatki punktów na danej płaszczyźnie. Połączenie tych dwóch elementów pozwala na zobrazowanie rozmieszczenia substancji o danej wartości m/z na analizowanej powierzchni, przez wykreślenie intensywności piku charakterystycznego dla danej substancji w każdym analizowanym punkcie na płaszczyźnie.
W technice MALDI zamrożoną tkankę przygotowuje się do analiz przez uzyskanie jej skrawków na mikrotomie. Skrawki umieszcza się na specjalnym szkiełku ITO i pokrywa odpowiednią matrycą pozwalającą, dzięki zastosowaniu lasera na jonizację substancji obecnych na powierzchni. Dzięki temu możliwa jest analiza rozmieszczenia badanej substancji w tkance.
W naszych analizach skupiamy się głównie na badaniu tkanek układu nerwowego i poszukiwaniu zmian molekularnych dotyczących uzależnienia od narkotyków. Współpracujemy również z jednostkami badawczymi zajmującymi się badaniem oocytów (Uniwersytet Rolniczy i Małopolskie Centrum Biotechnologii) i analizujemy lipidy obecne w tych komórkach.
Sprzęt:
Osoby odpowiedzialne:
Nasz zespół zajmuje się syntezą różnego rodzaju peptydów i małych związków organicznych. Mogą one być wykorzystywane jako standardy wewnętrzne w analizach ilościowych, jako inhibitory enzymów, lub jako markery procesów biologicznych (np. przechodzenia peptydów o określonej sekwencji przez barierę krew-mózg.
W naszym niedużym laboratorium chemii organicznej możemy wykonywać następujące badania:
Sprzęt:
Osoby odpowiedzialne:
Choroby prezentowane w dziełach sztuki oraz choroby, na które cierpieli artyści, mogą być znakomitym wstępem do lepszego zrozumienia sztuki. Ponadto, materiał jest uzupełniony o wyjaśnienie podstaw biochemicznych i genetycznych tych chorób. Może to zapewnić bardziej efektywną i atrakcyjną formę nauki na pograniczu biochemii, neurofarmakologii i genetyki. Studenci uzyskają interesującą wiedzę na temat molekularnych podstaw opisywanych przypadków, wspomagając w ten sposób naukę i lepsze zrozumienie procesów chorobotwórczych. Dodatkowym „bonusem” jest zdobycie szerszej wiedzy o sztuce oraz umiejętności analizy dzieł artystycznych, interpretacji szczegółów, często ukrytych lub alegorycznych, które łatwo przeoczyć.
Rodzaj grantu: IDUB - Pakiet habilitacyjny
Nr wniosku: 5243
Kierownik projektu: dr Przemysław Mielczarek
Czas realizacji: 2022 – 2025
Publikacje:
Rodzaj grantu: IDUB - „Excellence initiative – research university” for the AGH University of Krakow.
Nr wniosku: 6369
Kierownik projektu: dr hab. Anna Bodzoń-Kułakowska, prof. AGH
Czas realizacji: 2023 – 2025
Publikacje:
Techniki spektrometrii mas zrewolucjonizowały badania biochemiczne. Pozwalają one na analizę makromolekuł w materiale biologicznym i badanie zmian jakim podlegają pod wpływem różnych procesów. W laboratorium Zespołu Biochemii i Neurobiologii pracuje grupa o bardzo dużym doświadczeniu w badaniach proteomicznych i obrazowaniu powierzchni za pomocą spektrometrii mas (MSI- ang. mass spectrometry imaging). Proteomika to technika, pozwalająca na analizę białek. Wynikiem badań proteomicznych jest wskazanie zmian zarówno jakościowych jak i ilościowych w białkach badanego modelu pod wpływem różnych czynników. Efektem może być rozpoznanie możliwości wpływu na określony proces w organizmie (np zastosowanie inhibitora, jeśli podłożem wykrytej zmiany jest dysfunkcyjny enzym). Z kolei techniki MSI pozwalają na uzyskanie widm masowych charakterystycznych dla punktów na badanej powierzchni. Intensywność uzyskanych pików pozwala ocenić w przybliżeniu ilość danej substancji w określonym miejscu. Połączenie informacji z widm masowych, z ich lokalizacją na powierzchni pozwala na zobrazowanie rozmieszczenia substancji w materiale podlegającym analizie. W rutynowo stosowanej przez nas technice MALDI możliwe jest badanie zmian w rozmieszczeniu i ilości określonych lipidów, oraz białek w próbkach biologicznych. Ma to znaczenie zwłaszcza w analizach tkanek mózgu, który jest złożony z różnych struktur. Ich odrębność jest kluczowa i możliwa do zachowania i wizualizacji przy analizach MSI.
W oparciu o te strategie chcemy opracować dwa intrygujące zagadnienia: zmiany molekularne w tkankach centralnego układu nerwowego pod wpływem podawania morfiny i zmiany molekularne w oocytach ssaczych. Pozorna rozbieżność tematyki wynika z zastosowania doskonalonego przez lata warsztatu badawczego do rozstrzygnięcia serii zagadnień w ramach współpracy z bardzo dobrymi zespołami badawczymi z wykorzystaniem dostępnych nam technik analitycznych. Uzależnienie od narkotyków jest problemem medycznym, społecznym i ekonomicznym. Rozwikłanie jego molekularnych podstaw pozwoli na znalezienie skutecznych metod farmakologicznego leczenia, a metody analizy stosowane w naszym zespole uwzględniają złożoność przestrzenną centralnego układu nerwowego. Oocyty to szczególny rodzaj materiału, gdzie ważna jest indywidualna zmienność pojedynczej komórki. Może ona wpływać na jej potencjał rozwojowy w procedurze in vitro. Wiele procesów związanych z metabolizmem oocytów nadal pozostaje niewyjaśnionych. Poznanie ich będzie miało ogromne znaczenie m.in. dla ratowania wymierających gatunków, dla których jedyną praktycznie istniejącą możliwością uzyskania potomstwa są procedury in vitro. W naszym laboratorium opracowaliśmy unikalną metodologię pozwalającą na analizę oocytów z wykorzystaniem MSI i technik proteomicznych. Pozwala to na szczegółowe analizy molekularnych podstaw procesu zapłodnienia na modelu ssaczym w postaci reprezentatywnego i bazującego na dostępnym materiale weterynaryjnym modelu oocytów kocich.
Proponowane przez nas badania opierają się o zastosowanie innowacyjnych technik analitycznych związanych ze spektrometrią mas (analizy proteomiczne w oparciu o ilościowe techniki znakowania izotopowego TMT, obrazowanie powierzchni za pomocą spektrometrii mas) a także dotyczą palących problemów, zarówno medyczno-socjologicznych (uzależnienie od narkotyków), jak i związanych z ochroną i ratowaniem środowiska naturalnego. Uzależnienie to problem, którego społeczeństwo stara się nie zauważać lub ignorować. Niestety zmiany społeczne, niedawna pandemia COVID-19, coraz wyższe tempo życia i presja społeczna sprawiają, że coraz więcej osób coraz częściej sięga po substancje pozwalające zapomnieć na chwilę o otaczających nas problemach. Problem uzależnienia od opioidów pojawił się nawet w kampanii prezydenckiej Hilary Clinton w Stanach Zjednoczonych, gdzie przez kryzys opioidowy w 2008 liczba zgonów na skutek przedawkowania przewyższyła liczbę śmiertelnych ofiar wypadków samochodowych, a przedawkowanie stało się głównym powodem śmierci z przyczyn innych niż naturalne. Zrozumienie molekularnych zmian jakie zachodzą w mózgu na skutek działania narkotyków i uzyskanie możliwości ingerencji w proces uzależnienia być może pozwoli na znalezienie skuteczniejszego sposobu leczenia tego zespołu chorobowego. W naszych badaniach do tego celu wykorzystujemy morfinę jako reprezentanta substancji odurzających, charakteryzującego się dobrze poznanym i szeroko funkcjonującym w literaturze modelem zwierzęcym.
Jeżeli chodzi o badawcze trendy to ilość publikacji dotyczących uzależnienia od opioidów od 2017 roku wykazuje trend wzrostowy (od 750 w 2017 do 1276 w 2022). Ilość cytatów liczona za pomocą Field-Weighted Citation Impact spada, natomiast w 2022 osiągnęła wynik 1.11 co i tak świadczy o 10% lepszym wyniku cytowalności niż przewidywany dla przeciętnego artykułu. Procedury in vitro najczęściej odnosimy do ludzkich problemów z płodnością i kojarzą nam się one jednoznacznie z zabiegami medycznymi. Okazuje się, że mają one również ogromne znaczenie w przypadku ratowania zagrożonych gatunków zwierząt. W 2001 pozostały na świecie 32 sztuki nosorożca białego. Próby naturalnego pozyskania potomstwa tych zwierząt nie powiodły się. W 2018 roku zmarł ostatni samiec tego gatunku. Na szczęście, dzięki projektowi BioRescue posiadamy pobrane wcześniej nasienie nosorożca białego. Od ostatnich dwóch żyjących samic pobrano komórki jajowe. Obecnie jedyną szansą na uratowanie gatunku są procedury medyczne z grupy technik IVF (ang. in vitro fertilization) lub ICSI (ang. intra- cytoplasmic sperm iniection).
Podobna tragedia rozgrywa się w przypadku dzikich kotów. Sztuczne zapłodnienie może być dobrym sposobem na zwiększenie ich populacji. W 2019, po 15 latach badań i dwóch nieudanych próbach, dzięki procedurze IVF udało się doprowadzić do narodzin dwóch gepardów w Ogrodzie Zoologicznym National Columbia. W Polsce, między innymi dzięki współpracy Uniwersytetu Przyrodniczego we Wrocławiu z Uniwersytetem Rolniczym w Krakowie, powstaje bank materiału rozrodczego europejskich dzikich kotów, w tym rysia i żbika. Wydawałoby się, że o procedurach IVF wiemy wszystko – przecież z powodzeniem stosujemy je u ludzi. Ale Homo Sapiens to nie Felis Silvestris, ani Lynx a biolodzy badający problem zapłodnienia zewnątrzustrojowego znajdują coraz więcej subtelnych różnic pomiędzy możliwościami wspomagania rozrodu człowieka i wspomagania rozrodu innych gatunków. Zwierzęta wymagają innego, charakterystycznego dla każdego gatunku podejścia. Nasze badania, w ścisłej współpracy z Uniwersytetem Rolniczym w Krakowie, mają na celu zbadanie różnic molekularnych (badanie lipidów i białek) między oocytami kota domowego o różnym potencjale stworzenia zarodków w procedurze in vitro. Kot domowy, zgodnie z dostępną literaturą, jest doskonałym modelem badawczym dla wspomagania rozrodu wymierających dzikich kotów. Mamy nadzieję, że prowadzone prace pozwolą na stworzenie lepszych procedur IVF i przynajmniej w części przyczynią się do uratowania ginących gatunków chroniąc je przed całkowitym unicestwieniem. Badania z tej dziedziny, czyli badania molekularne, w kontekście ratowania zagrożonych gatunków wydają się być wysoce unikalnymi i trudno dla nich znaleźć kategorię w bazie SciVal. Kategoria „Veterinary Medicine; in Vitro Techniques” istnieje, ale nie jest wspominana w kontekście ratowania zagrożonych gatunków.
Rodzaj Grantu: OPUS - Narodowe Centrum Nauki
Numer Grantu: NCN 2018/29/B/NZ4/02243
Kierownik projektu: dr hab. Anna Bodzoń-Kułakowska, prof. AGH
Czas realizacji: 2019 – 2023
Publikacje:
Konferencje:
Opis projektu:
Morfina jest substancją towarzyszącą nam od wieków. Wykorzystywana jest zarówno z uwagi na swoje działanie przeciwbólowe, jak i z powodu wywoływania uczucia euforii, dobrego samopoczucia, relaksacji. Z jej pozytywnym – przeciwbólowym działaniem wiążą się efekty uboczne, takie jak rozwój tolerancji, zaburzenia oddychania i inne niekorzystne zmiany. Używanie jej jako substancji poprawiającej nastrój prowadzi do rozwoju uzależnienia, które jest złożoną chorobą centralnego układu nerwowego, stającą się coraz większym problemem społecznym. W tym kontekście warto wspomnieć chociażby o coraz częstszym uzależnieniu od nieodpowiednio przyjmowanych opioidowych środków przeciwbólowych. W naszym projekcie chcemy zastosować technikę obrazowania powierzchni za pomocą spektrometrii mas ze źródłem jonów typu MALDI. Jest to nowoczesna metoda analityczna, pozwalająca na zidentyfikowanie substancji znajdujących się na badanej powierzchni (np. na przekroju tkanki) i na określenie ich rozmieszczenia. W zakresie nauk biologicznych pozwala badać skrawki tkanek pochodzących z określonego organu. Jeżeli w czasie eksperymentu porównujemy skrawki pochodzące z tkanki pobranej od zwierzęcia kontrolnego i uzależnionego od morfiny możemy, przez porównanie, zbadać jak zmienia się ilość, czy rozmieszczenie substancji na których wykrywanie nastawiony jest nasz eksperyment. Tym sposobem, używając źródła jonów typu MALDI możemy prześledzić jak morfina wpływa na zawartość lub modyfikacje lipidów, białek, czy niskocząsteczkowych metabolitów, znajdujących się w analizowanym materiale. Technika obrazowania powierzchni za pomocą spektrometrii mas ma tę przewagę nad klasycznymi metodami, że nie wymaga zniszczenia struktury materiału przed analizą (homogenizacji) i zachowuje informację o przestrzennym rozmieszczeniu cząsteczek. Tym samym, dysponując skrawkami pochodzącymi na przykład z mózgu szczura, możemy prześledzić zmiany molekularne, mające miejsce w różnych jego strukturach biorących udział w procesie uzależnienia. W naszym laboratorium zajmujemy się badaniem zmian molekularnych towarzyszących podaniu morfiny. Do tej pory prace te prowadzone były technikami proteomicznymi. Badania wskazały białka zaangażowane w proces uzależnienia i na tej podstawie pozwoliły na wysnucie wniosku, że metabolizm energetyczny komórki prawdopodobnie jest zaburzony przez podanie tej substancji. Obecnie proponowane badania mają na celu zbadanie jak morfina wpływa na poziom metabolitów niskocząsteczkowych, związanych z metabolizmem energetycznym i będą stanowić rozszerzenie wcześniejszych prac. Dodatkowo uzyskane wyniki z analizy zmian w białkach będą mogły zostać skonfrontowane z wcześniej uzyskanymi danymi, co pozwoli na ich weryfikację i ewentualne potwierdzenie roli określonych białek w procesie uzależnienia dwiema niezależnymi technikami – co również ma dużą wartość poznawczą. Mamy nadzieję, że proponowane badania wskażą kluczowe substancje, których ilość istotnie ulega zmianie pod wpływem działania morfiny i tym samym zaburza funkcjonowanie prawidłowego metabolizmu komórki. Po ich zidentyfikowaniu będzie można starać się podjąć takie działania, żeby zaburzony metabolizm z powrotem przywrócić w stan równowagi i tym samym znaleźć sposób na zniwelowanie efektów ubocznych działania morfiny w terapii przewlekłego bólu, jak i uzyskać możliwość pomocy osobom uzależnionym.
Rodzaj Grantu: OPUS - Narodowe Centrum Nauki
Numer Grantu: NCN 2016/21/B/NZ6/01307
Kierownik projektu: prof. dr hab. Piotr Suder
Czas realizacji: 2016 – 2021
Opis Projektu:
1 lutego 2016 roku WHO ogłosiło stan zagrożenia obejmujący cały świat, związany z zakażeniami wirusem Zika. Chociaż wirus ten znany jest już od 1947 roku, do niedawna wydawało się, że infekcje u ludzi powoduje on sporadycznie, a choroba ma stosunkowo łagodny charakter. Objawy zakażenia ograniczają się zazwyczaj do gorączki, wysypki, zapalenia spojówek, bólu mięśni i stawów, złego samopoczucia oraz bólu głowy. Pierwsze sygnały świadczące o niebezpieczeństwie wystąpiły już w 2007 roku, kiedy zanotowano niezwykle dużo przypadków zakażeń u ludzi na wyspach Polinezji Francuskiej. Prawdziwe zagrożenie pojawiło się jednak w zeszłym roku, kiedy wirus wywołał epidemie w obrębie Ameryk i wykazano, że może on powodować mikrocefalię u dzieci, których matki przeszły zakażenie w okresie ciąży jak również zespół Guillaina-Barréa u osób dorosłych. Obecnie nie jesteśmy w stanie określić realnego zasięgu wirusa w czasie lata, gdyż nie jest znany zasięg komarów przenoszących chorobę.
Replikacja wirusa Zika odbywa się w bardzo specyficzny sposób. Po wniknięciu wirusa do komórki, na matrycy wirusowego RNA powstaje pojedyncze, duże białko. Jest ono nieaktywne i konieczne jest pocięcie go na niewielkie kawałki, z których każdy służy później jako element maszyny replikacyjnej lub element budulcowy dla nowych wirusów. Za proces cięcia w dużym stopniu odpowiedzialny jest jeden z regionów powstającego białka nazywany NS3. Zahamowanie jego aktywności prowadzi do całkowitego zatrzymania replikacji wirusa i powstrzymania zakażenia. Białka o podobnej aktywności powstają również w czasie replikacji innych wirusów, takich jak wirus zakaźnego zakażenia wątroby typu C czy wirus HIV. W ostatnich latach wykazano skuteczność leków hamujących aktywność białek podobnych do NS3 w leczeniu tych zakażeń i na trwałe znalazły one swoje miejsce w klinice. Co ciekawe, białko NS3 odpowiada również za modyfikację.
W odpowiedzi na nowe zagrożenie w postaci wirusa Zika planujemy przeprowadzić serię badań, które będą miały na celu zrozumienie, w jaki sposób działa białko NS3 wirusa Zika i jaka jest jego rola w komórce gospodarza. Uzyskane wyniki pozwolą również na opracowanie w przyszłości nowych leków, które będą mogły być zastosowane w leczeniu ciężkich przypadków zakażeń wirusem Zika.
Rodzaj Grantu: Współpraca Polska-Tajwan Narodowe Centrum Badań i Rozwoju
Numer Grantu: Polish-Taiwanese Joint Research Grant No. PL-TW/V/2/2018
Kierownik projektu: prof. dr hab. Jerzy Silberring, dr hab. Anna Drabik, prof. AGH
Czas realizacji: 2018 – 2020
Publikacje:
Konferencje:
Opis projektu:
Głównym celem eksperymentów prowadzonych w ramach projektu HEMO, było ustalenie roli peptydu opioidowego hemorfiny LVV-H7 w mechanizmie powstawania uzależnienia od alkoholu. Badania nad rolą LVV-H7 w mechanizmie powstawania bólu u szczurów przy równoczesnym podawaniu alkoholu było zadaniem partnera Tajwańskiego. W trakcie realizacji projektu opracowano innowacyjną metodę syntezy prototypowej sekwencji hemorfiny LVV-H7, a także przeprowadzono badania analizy poziomu LVV-H7 we krwi obwodowej i w wybranych strukturach mózgu przed, w trakcie uzależnienia od alkoholu oraz w abstynencji, w celu ustalenia potencjalnej roli hemorfiny w procesach związanych z uzależnieniem i odczuwaniem bólu. Wykonano szereg testów behawioralnych na szczurach, po podaniu peptydu opioidowego LVV-H7, alkoholu, oraz inhibitora katepsyny D – pepstatyny A. Równolegle zbadano poziom ekspresji białek w mezolimbicznych i mezokortykalnych zakończeniach dopaminergicznych, mających krytyczne znaczenie dla procesu uzależnienia od alkoholu oraz analgezji za pomocą techniki western blotting. Zidentyfikowano białka wiążące sekwencję peptydu LVV-H7 za pomocą nowo opracowanej metody z użyciem prototypowej sekwencji syntetyzowanej na podłożu stałym. Dodatkowo, przeprowadzono analizę aktywności enzymów odpowiedzialnych za metabolizm hemorfiny LVV-H7 w wybranych strukturach mózgowych. Wyniki uzyskane w trakcie realizacji projektu wnoszą nowatorski pogląd na temat roli peptydu opioidowego oraz procesu degradacji LVV-H7 w centralnym układzie nerwowym, który może przyczynić się do opracowania nowych metod leczenia uzależnienia od alkoholu, wywierając pozytywny wpływ na społeczne i ekonomiczne aspekty życia.